Byla postavena v 17. století. Ve 40. letech 20. století zakázali nacisté konání židovských bohoslužeb a dolnokounická synagoga přestala sloužit svému účelu. Po válce byla využívána jako sklad Fruty Modřice. Židovské náboženské obci v Brně byla vrácena roku 1991. Po opravě v roce 1994 slouží zejména k výstavním a koncertním účelům.
